Отдел организует консультативную помощь по вопросам профилактики и лечения ВИЧ-инфекции у беременных женщин и детей, а также проводит анализ и разрабатывает меры, направленные на повышение качества реабилитационной, психологической и социальной помощи детям с ВИЧ-инфекцией. В рамках своей деятельности отдел осуществляет сбор оперативной и статистической информации, проводит анализ распространённости ВИЧ-инфекции среди беременных женщин и детей и оценивает адекватность проводимых лечебно-профилактических мероприятий.

Отдел осуществляет подготовку и издание информационных, аналитических и учебных материалов, разрабатывает и внедряет мероприятия по совершенствованию профилактики, диагностики и лечения ВИЧ-инфекции у беременных женщин и детей. Специалисты оказывают методическую и практическую помощь медицинским организациям, а также организуют и проводят обучение специалистов центров по профилактике и борьбе со СПИДом и других медицинских учреждений.
Кроме того, отдел проводит прикладные научные исследования, участвует в организации и проведении клинических исследований, а также в разработке федеральных и региональных программ по предупреждению ВИЧ-инфекции и оценке их эффективности. Важным направлением работы является проведение мероприятий по гигиеническому образованию и информированию населения по вопросам профилактики ВИЧ-инфекции у беременных женщин и детей.

Отдел выполняет функции Научно-практического центра профилактики и лечения ВИЧ-инфекции у беременных женщин и детей
Министерства здравоохранения Российской Федерации согласно Приказу Минздрава РФ от 19.04.1999 N 133 "О научно-практическом центре профилактики и лечения вич-инфекции у беременных женщин и детей".